Skyguide setzt sich für die Reduktion von CO2-Emissionen im Flugverkehr und gleichzeitig für die Erhöhung des Sicherheitsniveaus ein. Das Ziel der Schweizer Flugsicherung ist, Flugzeuge sicher und möglichst direkt an die Enddestination zu leiten. Dafür hat Skyguide ein Netz von direkten Flugrouten über die Schweiz entwickelt. Die Verkürzung von Flugrouten reduziert den Treibstoffverbrauch. Skyguide hat den Fluggesellschaften in den letzten Jahren 63 optimierte Streckenabschnitte zur Verfügung gestellt und arbeitet am Aufbau eines noch direkteren Streckennetzes bis 2022. Die verbesserten Verfahren und Systeme von Skyguide haben auch die Wartezeit der Flugzeuge vor dem Start und während der Landung verkürzt, was sich positiv auf das Klima auswirkt.